Face aux enjeux environnementaux, alimentaires et énergétiques, de profonds changements de paradigmes doivent être amorcés par les sociétés.

L’unité AGHYLE évolue dans un contexte scientifique axé sur l’étude des interactions entre les plantes, les sols, l’eau et la diversité biologique, en réponse aux enjeux actuels de la transition agroécologique.

Ses recherches visent à comprendre les processus biologiques, physico-chimiques et écologiques impliqués dans la santé des sols, la nutrition des plantes, la productivité des cultures et la résilience des agroécosystèmes face aux stress biotiques et abiotiques.

Ce cadre s’inscrit dans des politiques publiques ambitieuses : 

  • réduction des intrants chimiques,
  • amélioration de la qualité des sols et de l’eau,
  • préservation de la biodiversité
  • adaptation au changement climatique. 

L’unité AGHYLE développe ainsi une approche systémique et multi-échelle de l’agriculture durable.

Schéma de la zone critique (d’après Chorover et al., 2007)

* Schéma de la zone critique (d’après Chorover et al., 2007)

logo AGHYLE

 

Les enjeux de l'unité AGHYLE

L’unité AGHYLE se positionne sur plusieurs enjeux majeurs :

  • Soutien aux transitions agricoles : par l’identification et la diffusion de pratiques agricoles innovantes favorisant la santé des sols, la réduction des produits phytosanitaires et l’optimisation de la fertilisation.
  • Contribution à l’innovation scientifique : à travers le développement de biosolutions, de modèles prédictifs et d’outils de caractérisation des sols, de la rhizosphère et des transferts environnementaux.
  • Formation et encadrement : forte implication dans la formation initiale (élèves ingénieurs), la formation par la recherche (masters, thèses, postdocs), et la formation continue des acteurs du monde agricole et environnemental.

Le projet scientifique

Le projet scientifique de l’unité AGHYLE est structuré autour de trois grands axes thématiques complémentaires :

  • Axe 1 : Sols, biodiversité et services écosystémiques
  • Axe 2 : Sols, biodiversité et santé des plantes
  • Axe 3 : Sols, biodiversité et santé globale
     
Schéma explicatif - unité AGHYLE

L'unité AGHYLE

L’unité AGHYLE est un acteur clé de la recherche agronomique et environnementale, spécialisée dans l’étude des interactions sols-plantes-microorganismes et la modélisation des transferts dans les agroécosystèmes.

Elle joue un rôle central dans l’accompagnement des transitions agricoles vers des pratiques plus durables, au croisement de l’innovation scientifique, de la formation d’ingénieurs, et des partenariats socio-économiques. 

Son expertise repose sur une approche multidisciplinaire, des expérimentations en plein champ, et une volonté forte de transférer les connaissances vers les filières agricoles et les politiques publiques.

L'équipe

AGHYLE Campus de Beauvais

AGHYLE Campus de Rouen

  • Maroua ALAOUI - « Contribution à la compréhension des interactions plantes / microorganismes du sol : étude de la rhizodéposition de microARN chez le blé, colza et pois sous contraintes abiotiques. » - Thèse soutenue le 2 décembre 2025
  • Charlotte AMY – « Optimisation de la disponibilité du Phosphore du sol par des biointrants (biofertilisant) : impacts sur l’Efficience d’usage des fertilisants azotés et le Rendement chez le colzA » - Thèse soutenue le 17 décembre 2021
  • Sylvie ASSAGBA – « Biostimulants & Efficience Azotée en Agroécosystèmes »
  • Maëva BICARD –  « Intégration des modèles écophysiologiques en amélioration des plantes. Identification et caractérisation des facteurs environnementaux impliqués dans les interactions génotypes/environnement chez l’orge de printemps »  - Thèse soutenue le 1er février 2024
  • Mathilde CAMIADE –  « Impacts sanitaire et écologique de l’adaptation de bactéries pathogènes entériques aux végétaux »  – Thèse soutenue le 9 Juillet 2019
  • Amandine CHEVALIER – « Optimisation des procédés de production de lombricompost pour en valoriser le potentiel microbiologique au bénéfice de la santé des plantes et du sol »
  • Joël KODZO DROPENOU – « Comprendre les interactions génotype x environnement pour améliorer et stabiliser le rendement et la qualité du blé tendre »
  • Chloé ELMERICH – « Étude des interactions génotype x environnement pour l'adaptation et l'amélioration du soja en Europe » – Thèse soutenue le 10 novembre 2023
  • Matthieu FORSTER –  « Root traits effect on soil traffic-induced shear in agroecosystems » - Thèse soutenue le 20 novembre 2020
  • Florian GENDREAU – « Développement et validation de modèles permettant la découverte de bioactifs innovants pour lutter contre des maladies des cultures »
  • Mohamed El Aziz HAFSIA – « Conception d’un jumeau numérique du sol, en combinant des approches mécanistes et statistiques de modélisation »
  • Salma HAMMAMI – «  Evaluation des risques morpho-hydrologiques et impact sur l’aménagement : Grand Tunis »
  • Nicolas HONVAULT – « Effet de la diversité fonctionnelle des cultures intermédiaires sur la disponibilité du phosphore dans les sols » - Thèse soutenue le 18 novembre 2020
  • Mohamed KANTE – « Impact de la rhizodéposition C et N par les Fabacées à graines et les Fabacées fourragères sur les  communautés microbiennes édaphiques et sur la dynamique du carbone, de l’azote et du phosphore dans le sol » - Thèse soutenue le 13 juillet 2022
  • Haiyan LIU - Thèse soutenue le 10 mai 2018
  • Pauline LUSLEY – « Caractérisation de mécanismes directs et indirects de résistance à la pourriture racinaire du pois induite par Aphanomyces euteiches. Influence des choix variétaux et des microorganismes bénéfiques de la rhizosphère » - Thèse soutenue le 16 octobre 2020
  • Anouk LYVER – « Rôle des interactions plantes, microorganismes et sol sur les voies d'incorporation de résidus de culture dans la matière organique du sol » - Thèse soutenue le 15 décembre 2025
  • Fida MRAD - « Décomposition de résidus de culture et de matériaux biosourcés : impacts sur les communautés microbiennes des sols agricoles et les fonctions associées » – Thèse soutenue le 18 décembre 2018
  • Aline PLANCHON – « Ecoproduction et valorisation du lin: écoproduction contre Fusarium oxysporum et impact sur les propriétés des agromatériaux » – Thèse soutenue le 18 décembre 2018
  • Julia QUEIROS  – « Étude de l’impact de l’application de paille de colza torréfiée sur le fonctionnement du sol, les communautés microbiennes et la dynamique des éléments nutritifs au sein du système sol-plante »
  • Cyrine REZGUI – « Dynamique de l’Azote issu de la culture de pois d’hiver dans la rotation » - Thèse soutenue le 11 décembre 2020
  • Erika SAMAIN – « Etude des interactions PGPRs/génotypes de blé tendre dans la lutte contre la septoriose » - Thèse soutenue le 18 Juin 2019
  • Viviane SCHELL – « Améliorer l'association en relais céréale hiver/soja par l'étude de la compétition subie par le soja et son évaluation agro-environnementale » - Thèse soutenue le 8 avril 2024
  • Dhekra SOUISSI – « Cartographie de la recharge potentielle dans les zones arides » - Thèse soutenue le 14 décembre 2019
  • Alicia VEIGA – « Développement d'un modèle de prise de décision sur le réglage instantané du semoir à partir de données embarquées du sol pour une amélioration du semis des cultures de printemps »
  • Angel VELASCO SANCHEZ - Campus de Rouen « Impact of reflow fertilizers on soil microbial communities diversity and functions » - Thèse soutenue le 26 juin 2024

Les projets de recherche

Soja Made in Normandie / 2020-2023

Objectifs :

Développer à terme la filière du soja bio en Normandie via des itinéraires techniques novateurs construits sur des pratiques agroécologiques (production garantie sans OGM, démarche bas intrants, et faible empreinte carbone), créatrice de valeurs sur l’ensemble de la chaîne (agriculteurs, collecteurs, industriels, consommateurs).

Partenaires :

UMR INRA-UNICAEN 950 EVA ; EA 4358 Glycomev Université de Rouen; Terres Inovia; la CRAN; Agrial; Coop de Creully et Agrauxine. 

Contacts UniLaSalle : Isabelle GATTIN
 

Bactéries, Exsudats Et Rhizodépôts/ 2019-2022

Objectifs :

Etude multi-disciplinaire des rhizodépôts de 5 plantes dont 3 plantes de grande culture, afin de contribuer à l’essor des techniques d’agroécologie.

Partenaires :

Université Rouen Normandie : GlycoMev, LMSM, COBRA UMR 6014, ¨Plateforme PRIMACEN ; Université Caen Normandie : EVA UMR 950, Plateforme CMAbio, ICORE SF 4206.

Contacts UniLaSalle : Mélanie BRESSAN
 

Utilisation du Silicium et des Terres rares pour mieux tracer et comprendre la bio-Disponibilité du Phosphore dans les sols agricoles / 2020-2021

Objectifs :

Limiter l’utilisation du Phosphore dans les applications agricoles en optimisant leur biodisponibilité pour les plantes.

Partenaires :

Université de Liège

Contacts UniLaSalle : Olivier POURRET
 

Protéines Végétales / 2020-2022

Objectifs :

Evaluer et spatialiser le potentiel d’une diversité de cultures absentes ou peu implantées en région et dont les productions présentent une teneur en protéines supérieure à celle des plantes cultivées actuellement.

Partenaires :

Université de Rouen GlycoMev EA 4358 ; CERFRANCE Normandie Maine, NATUP

Contacts UniLaSalle : Wassila RIAH-ANGLET

En savoir plus sur le projet
 

Phosphorus REcovery for FertiLisers frOm dairy processing Waste – 2018/2021.

Objectif :

Ce projet a pour objectif de tester de nouveaux procédés de traitement des déchets organiques issus des entreprises laitières (traitements thermiques, utilisation de suspension microbiennes, …) et d’évaluer les conséquences de ces traitements sur la composition biochimique de ces déchets organiques.

Partenaires :

Académiques : Université de Wageningen (Pays Bas), Université de Gallway (Irlande), Université de Swansea (Pays de Galles), Université de Venise, Université de Gent

Socioéconomiques : Biomass Heating Solutions Ltd, Agricultural Catchments Programme, Aurivo Dairy Ingredients, Lakeland Dairies

Contacts UniLaSalle : Isabelle GATTIN et Marie SAUVADET

Optimisation de la biotisation des substrats horticoles : Alternative pour la lutte contre les pathogènes telluriques

Objectifs :

Ce projet vise à valider et promouvoir l’utilisation des produits de biotisation pour la protection des plantes contre les maladies telluriques dans un contexte horticole. Il s’agit plus spécifiquement d’identifier les conditions de culture favorables à la fois à la croissance des plantes modèles et à la colonisation des substrats par les microorganismes constitutifs des produits de bio contrôle ; puis d’évaluer le potentiel de protection contre les maladies pour les conditions de culture et de biotisation optimales identifiées.

Partenaires :

ASTREDHOR Seine-Manche, ASTREDHOR SO GIEFP, firmes produisant des solutions de bio contrôle

Contact UniLaSalle : Mélanie Bressan

Root Plant Technologies / 2020-2023

Objectifs :

Renforcer technologiquement la plateforme Normand Serre, avec pour ambition l’acquisition de technologies innovantes pour optimiser les observations et les mesures sur plusieurs échelles et résolutions dans l’interface sol - plante – microorganismes.

Partenaires :

Université de Rouen GlycoMev EA 4358

Contact UniLaSalle : Isabelle GATTIN
 

Amélioration de la GEstion quantitative des eaux souterraines par le PILotage de la nappe phréatique

Objectif : Etudier comment gérer les ressources en eau souterraines de manière durable.

Partenaires : UTC ; SMOA (Syndicat Mixte Oise Aronde).

Contact : Romain ARMAND 

Caractérisation agronomique de nouvelles légumineuses à graines en vue d’une diversification de la production

Objectif : identifier des légumineuses à graines, actuellement non cultivées en France-Belgique, susceptibles de s’adapter sous notre pédoclimat en satisfaisant à la fois les agriculteurs en termes de volume produit et le grand public en diversifiant la source de protéines végétales, tout en répondant aux normes environnementales actuelles.

Partenaires : Université de Gembloux.

Contact : Alicia AYERDI-GOTOR

Écotoxicité du Bisphénol A vis-à-vis de la croissance, de la nutrition en P et des traits racinaires chez une variété de blé -2018/2019.

Objectif :

Etudier l’effet du Bisphenol A sur les traits fonctionnels impliqués dans la croissance et la nutrition phosphatée du blé.

Partenaires :

UCEIV (ULCO)

Contact UniLaSalle : Stéphane FIRMIN

LAND Management, Assessment, Research Knowledge base 2015/2019.

Objectif :

Ce projet de recherche a notamment pour ambition de mettre en place  une boîte à outils pour le management des sols à l’échelle  européenne, en intégrant des indicateurs sur cinq grands types de fonctions des sols : potentiel agronomique ; purification et régulation de l’eau ; séquestration et régulation du carbone ; biodiversité/habitat et cycle des nutriments.

Partenaires :

17 pays européens + la Chine et le Brésil, soit 22 structures de recherche.

Contact UniLaSalle : Isabelle GATTIN

Contamination primaire des salades par les micro organismes pathogènes : points critiques et leviers – 2016/2019.

Objectif :

Ce programme a pour ambition de renforcer la qualité sanitaire des salades destinées à la première et quatrième gamme. Il vise à identifier les origines et les vecteurs de la contamination primaire des salades par les microorganismes pathogènes (bactéries, virus et parasites) en vue de proposer aux producteurs un guide harmonisé de bonnes pratiques culturales permettant d’améliorer la qualité sanitaire des produits avant la livraison.

Partenaires :

Chambre Régionale d’Agriculture de Normandie, Chambres Départementales d’Agriculture (14, 50, 76), ACTALIA (Institut Technique Agro-Industriel), SILEBAN (Station d’expérimentation légumière régionale), Unité LMSM-EA 4312 -Université de Rouen.

Contacts UniLaSalle : Wassila RIAH-ANGLET et Karine LAVAL

Objectif :

Le projet vise à obtenir une meilleure connaissance 1) des mécanismes directs et indirects impliqués dans la nutrition des plantes (C, N, P), 2) des mécanismes impliqués dans la défense racinaire et 3) du rôle des micro organismes pour la santé et la nutrition des plantes.

Partenaires :

Unité LMSM EA 4312 Université de Rouen ; Unité GlycoMev EA 3458 Université de Rouen ; UMR EVA INRA 950 Université de Caen.

Contacts UniLaSalle : Isabelle GATTIN et Adrien BLUM

Intérêts de la mycorhization  dans les pratiques agricoles et d’agroforesterie– 2016/2020).

Objectif :

Le projet a pour ambition de contribuer à la compétitivité des systèmes de cultures favorables à la vie des sols, au stockage du carbone, à la préservation des ressources en eau et à la diminution d’utilisation d’intrants chimiques en agissant pour la prise en compte des symbioses endomycorhiziennes dans les pratiques agricoles.

Partenaires :

Chambre d’Agriculture de Dordogne ; Chambre d’Agriculture de la Corrèze ; INRA Dijon UMR 1347 ; Muséum National d’Histoire Naturelle ; Association Française d’Agroforesterie ; CTIFL ; Station de la noix de Creysse ; EPLEFPA du Périgord ; EPLEFPA de Brive Voutezac ; EPL de l’Eure LEGTA  de Chambray ; A2C Farming Communication Agriculture de Conservation.

Contacts UniLaSalle : Marc LEGRAS et Babacar THIOYE

Référencer des indicateurs de microbiologie des sols et les intégrer dans l’analyse de terre de routine, pour améliorer la gestion des restitutions organiques dans les systèmes de grandes cultures et polyculture élevage – 2017/2020.

Objectif :

Le projet Microbioterre vise à intégrer des analyses microbiologiques aux analyses de terre réalisées par des laboratoires. Il s’agit in fine d’élargir le diagnostic et le conseil pour la gestion des pratiques culturales restituant du carbone au sol.

Partenaires :

ARVALIS,Terres Inovia, ITAB, INRA UMR ECOSYS et FARE, AUREA-AGROSCIENCES, Chambres d’Agriculture de Bretagne, CELESTA-LAB, SEMSE, RITTMO, Chambre d’Agriculture de la région Alsace (CARA), ARAA, Chambre d’Agriculture de Saône-et-Loire, Chambre régionale d’Agriculture d’Alsace-Champagne-Ardennes-Lorraine (CRA-ACAL), LEGTA d’Yvetot.

Contacts UniLaSalle : Wassila RIAH-ANGLET et Nadia LAURENT

Optimisation de la biotisation des substrats horticoles : Alternative pour la lutte contre les pathogènes telluriques

Objectifs :

Ce projet vise à valider et promouvoir l’utilisation des produits de biotisation pour la protection des plantes contre les maladies telluriques dans un contexte horticole. Il s’agit plus spécifiquement d’identifier les conditions de culture favorables à la fois à la croissance des plantes modèles et à la colonisation des substrats par les microorganismes constitutifs des produits de bio contrôle ; puis d’évaluer le potentiel de protection contre les maladies pour les conditions de culture et de biotisation optimales identifiées.

Partenaires :

ASTREDHOR Seine-Manche, ASTREDHOR SO GIEFP, firmes produisant des solutions de bio contrôle

Contact UniLaSalle : Mélanie Bressan

Agroécologie des cultures intermédiaires, effet de la diversité fonctionnelle sur la disponibilité du phosphore)-2017/2020) VIVESCIA et ANRT

Objectif :

Le projet a pour ambition d’examiner au sein des cultures intermédiaires, l’effet de la diversité fonctionnelle des traits impliqués dans l’acquisition et la disponibilité du phosphore en vue de gérer durablement la fertilisation des cultures.

Partenaires :

VIVESCIA, University of Western Australia and ETH Zurich.

Contact  UniLaSalle : Michel-Pierre Faucon

Gestion de la fertilité des sols par séquestration de carbone stable issu de la conversion thermochimique de biomasses résiduelles de la filière compost -2017/2020.

Objectif :

Le projet a pour ambition de valider un nouveau modèle économique de production d’amendements organiques et de supports de culture à forte valeur agronomique intégrant des biochars dans des composts jusqu’ici mal valorisés.

Partenaires :

ETIA, INRA, ACF (Loire Compost, Agricompost10, Agriopale)

Contact UniLaSalle : David HOUBEN

Réseaux de recherche

Cette Structure Fédérative labellisée en 2017 par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de Recherche co-fondée et co-dirigée par UniLaSalle (Karine LAVAL) vise à fédérer les disciplines en sciences végétales et agronomiques en Normandie pour générer de nouvelles collaborations basées sur des compétences uniques et complémentaires, renforcer la lisibilité nationale et internationale des unités constituantes et augmenter l’attractivité du territoire normand.

Les compétences des chercheurs de la SFR NORVEGE couvrent des champs disciplinaires allant de la biologie végétale à l’agronomie en passant par la microbiologie, la biochimie, la physico-chimie, l’écologie et l’économie. La SFR favorise une recherche pluridisciplinaire dans le domaine de l’agro-écologie, la nutrition et la santé des plantes, en focalisant ses activités sur les relations plantes-sols-microorganismes et s’appuie sur la technologie de la Station Expérimentale Normand Serre pour la réalisation de ses programmes de recherche.
 
5 unités de recherche sur le territoire normand dont l’unité AGHYLE campus Rouen, soit une centaine de chercheurs, doctorants et post-doctorants sont ainsi fédérés avec comme objectifs :

  1. le développement de solutions agronomiques innovantes favorisant l’économie des intrants et l’utilisation des produits et des méthodes de biocontrôle pour une protection intégrée des cultures (Plans Ecophyto Et Produire autrement du MAA)
  2. la valorisation des ressources agronomiques

Tout en favorisant les collaborations scientifiques avec des partenaires aussi bien académiques qu’issus du monde socio-économique.

La SFR communique chaque année sur les programmes soutenus au sein de ses équipes  au travers d’une Journée scientifique dédiée : La Journée de la SFR Normandie Végétale organisée à tour de rôle par l’Université de Rouen, l’Université de Caen et UniLaSalle.  

Visiter le site web

Plus d'infos sur la Journée de la SFR

Le RMT « BouclageS : Bouclage des cycles biogéochimiques et qualité des Sols » réunit 48 partenaires qui s'engagent collectivement à développer des connaissances actionnables et des outils pour soutenir une agriculture durable et résiliente. Face aux urgences du changement climatique et de la dégradation des sols, amplifiées par la flambée des prix des intrants, le RMT vise à mieux boucler les cycles biogéochimiques et à préserver la qualité des sols. Le programme de travail s'articule autour de deux axes thématiques en interaction :

  • améliorer le fonctionnement du système sol-plante en permettant une alimentation adaptée des cultures, en préservant la fertilité et en favorisant l'expression des fonctions écologiques des sols ;
  • limiter les émissions vers l'environnement, notamment de nitrate et de phosphate vers l'eau, et d'ammoniac et de protoxyde d'azote vers l'atmosphère, tout en favorisant le stockage additionnel de carbone dans le sol. Les travaux privilégient les pratiques agroécologiques de diversification des systèmes (recyclage de matières organiques, diversification des cultures, insertion de légumineuses).

Le RMT produit et diffuse des références, indicateurs, méthodes et outils d'aide à la décision pour les conseillers agricoles, les décideurs publics et les acteurs de l'enseignement agricole, facilitant ainsi l'appropriation de ces bonnes pratiques et la prise de décisions éclairées.

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RMT Holopilot : Pour des Agrosystèmes Productifs, Durables et Résilients Grâce à la prise en compte et la régulation des microbiotes pilotés

L’holobionte est l’unité d’organisation biologique constituée d’un macro-organisme hôte et de son microbiote. La plante est considérée comme un holobionte. Le postulat de départ du RMT HoloPilot est qu’il est aujourd’hui essentiel de mieux comprendre l’effet des pratiques agronomiques sur la structuration de la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes, et la manière dont la plante façonne cette diversité pour constituer l’holobionte végétal – dans les compartiments racinaires comme aériens. 

Cette compréhension doit permettre la définition d’indicateurs opérationnels de diversité, de fonction ou de services rendus, qui seront agrégés dans des référentiels ouverts et partagés. L’enjeu est d’équilibrer les communautés microbiennes vers des configurations bénéfiques à la santé des sols et à la performance des cultures, dans une logique de pilotage écologique des microbiotes au sein des agroécosystèmes. L’objectif final est de concevoir des agrosystèmes productifs, économes en intrants, robustes et résilients face aux changements globaux. 

Le RMT HoloPilot y contribuera : 

  • en fédérant et structurant la communauté scientifique et technique ;
  • en décloisonnant les travaux des disciplines concernées ;
  • en favorisant les échanges entre acteurs académiques, du développement agricole et de la formation. 

Le RMT HoloPilot est centré sur les plantes d’intérêt agronomique et concerne de nombreuses filières agricoles (grandes cultures, vignes, arboricultures, maraîchage, plantes ornementales…)

RMT Sols et territoires : Sols et territoires : connecter, valoriser, former

Par sa multifonctionnalité, le sol joue un rôle central dans les enjeux de gestion durable des territoires, au-delà de la seule production agricole et de la sécurité alimentaire. Une diversité d’acteurs (ex: aménageurs, conseillers, collectivités, associations) a besoin de mobiliser des informations relatives aux sols pour aborder les enjeux agricoles, forestiers, sanitaires et environnementaux. 

Cela implique une mobilisation de la connaissance des sols et sa traduction en fonctions des sols, à différents niveaux de résolution spatiale, sur des territoires d’étendues variées. Selon l’échelle étudiée et les fonctions questionnées, des nouvelles acquisitions de données sont nécessaires pour compléter les informations déjà disponibles. 

Le RMT Sols et Territoires agira pour une meilleure connaissance des sols et de leur multifonctionnalité en facilitant l’acquisition, l’accès et l’utilisation de l’information sur les sols par les acteurs des territoires. Il viendra appuyer les politiques publiques et contribuer à la formation des nouvelles générations en promouvant notamment le dispositif «Experts associés de l’enseignement agricole». 

À travers les différentes actions proposées et en lien avec d’autres réseaux et des programmes de recherche européens, le RMT Sols et Territoires amplifiera son animation du réseau d’acteurs de la connaissance des sols pour créer une chaîne cohérente d’expertise à toutes les échelles et le maintien sur les territoires d’une expertise pédologique.

Contactez-nous !

Isabelle TRINSOUTROT-GATTIN
Directrice de l’unité AGHYLE
Stéphane FIRMIN
Directeur adjoint de l’unité AGHYLE